截至2018年末，阜南县共有卫生机构56个（包括公立、私营医院、乡镇卫生院和社会服务中心，不含诊所、医务室、社区卫生服务站），其中医院16个，卫生院28个，社区卫生服务中心3个，妇幼保健站1个，疾病预防控制中心1个。卫生机构床位5377个，比2017年增加754个，其中医院3449个，卫生院1759个，社区卫生服务中心169个。卫生机构人员5456人，比2017年增加922人，其中卫生技术人员4534人，执业（助理）医师1487人，注册护师、护士1859人。卫生防疫人员196人。5岁以下儿童死亡率3.98‰，比2017年下降1.32‰；婴儿死亡率3.17‰，比2017年下降0.99‰；产妇住院分娩比例100%，与2017年持平。

　　2019年8月，入选为紧密型县域医共体建设试点县。